专票联和抵扣联丢失处理的方法有：
1、如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件及销售方所在地主管税务出具的《丢失专用已报税证明单》，经购买方主管税务审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证；
2、如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件到主管税务进行认证，认证相符的凭该专用记账联复印件及销售方所在地主管税务出具的《丢失专用已报税证明单》，经购买方主管税务审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证。销售方丢失专用；
3、丢失空白未开具的专用的，首先按规定程序向销售方当地主管税务、报失，接受税务处罚；
其次，由主管税务代收取“挂失登报费”，并将丢失专用的纳税人名称、份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传中国税务报社等税务报刊杂志上刊登“遗失声明”；
4、销售方丢失已开具专用的联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务申请出具《丢失专用已报税证明单》，并把该证明和丢失的记账联复印件交购买方抵扣。
5、销售方丢失已开具专用的抵扣联、联其中一联的，可让购买方使用未丢的联次到主管税务认证和记账，复印件留存备查。
专票和普票的区别有：
1、使用范围不同。专用一般用于一般纳税人之间从事生产经营应税项目使用；而普通则可以用于所有纳税人的所有经营活动，当然也包括一般纳税人生产经营应税项目；
2、作用不同。普通只是一种商事凭证，而专用不仅是一种商事凭证，还是一种扣税凭证；
3、票面反映内容不同。专用不但要包括普通所记载的内容，而且还要记录购销双方的税务登记号、地址、电话、银行账户和税额等；
4、联次不同。专用不仅要有普通的联次，而且还要有扣税联。
综上所述，专票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明。
【法律依据】：
《中华人民共和国管理办法》第一条
为了加强管理和财务监督，保障国家税收收入，维护经济秩序，根据《中华人民共和国税收征收管理法》，制定本办法。
第二条
在中华人民共和国境内印制、领购、开具、取得、保管、缴销的单位和个人（以下称印制、使用的单位和个人），必须遵守本办法。
第三条
本办法所称，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。