没有抵扣联和联是不能作废的。如果在丢失前已认证相符的，可使用专用联复印件留存备查；如果在丢失前未认证的，可使用专用联到主管税务机关认证，专用联复印件留存备查。即使专用被盗、丢失，纳税人也必须要求统一在中国税务报上刊登“遗失声明”，而不能直接将作废处理。
《上海市税务局关于专用抵扣联的管理办法》第七条妥善保管专用《抵扣联》，要求一般纳税人按会计档案要求进行保管，随时接受税务机关查询及检查，税务机关要将纳税人报送的专用抵扣联汇总明细表归进户管资料。